Na današnji dan Bosna i Hercegovina je dobila prvu zastavu nakon Pariškog mirovnog ugovora, odlukom Carlosa Westendorpa, Visokog predstavnika za BiH 1998. godine.
Visoki predstavnik je 3. februara 1998. godine, radi neusaglašavanja Parlamentarne skupštine, nametnuo Zakon o zastavi Bosne i Hercegovine da bi imala zajedničku zastavu na Zimskim olimpijskim igrama 1998. godine u Naganu. Ovu zastavu zamijenila je sadašnja zastava BiH, Zakonom o zastavi Bosne i Hercegovine koji je donio Parlament BiH 2001. godine.
Prvobitna svijetlo plava boja na zastavi bila je plava boja Ujedinjenih nacija. Međutim, naknadno je izabrana tamno plava, koja korespondira sa plavom bojom zastave Evropske unije. Žuti trougao predstavlja geografski izgled Bosne i Hercegovine dok zvijezde predstavljaju evropsko okruženje Bosne i Hercegovine.
Prva zastava nezavisne Republike BiH, usvojena po proglašenju nezavisnosti 1992. godine je bijela zastava sa štitom zlatnih ljiljana koji je preuzet od prvog bosanskog kralja iz 14. vijeka Tvrtka Kotromanića. Iako je zastava zbog prevelike orijentiranosti prema jednom narodu bila zamijenjena, koristila se sve do februara 1998. godine, kada je Visoki predstavnik proglasio sadašnju zastavu.